La UFLO fue fundada en 1995 con el objetivo de formar ciudadanos, profesionales, técnicos e investigadores que integren su actualidad disciplinar con las necesidades sociales y ambientales. Gestiona su accionar desde una mirada global que parte de las necesidades locales y regionales.
 
Aprobación definitiva: El 15 de septiembre de 2015 la Universidad de Flores, representada por su Rector, Mg. Néstor Blanco, recibió el decreto de aprobación definitiva en los términos que fija la ley 24.521. Así, la entonces Presidenta de la Nación, Dra. Cristina Fernández de Kirchner, entregó al Rector el Decreto del Poder Ejecutivo Nacional N°1889 a través de un acto realizado en el Salón de las Mujeres Argentinas del Bicentenario, en el marco de diferentes anuncios y presentación de proyectos vinculados a la educación.
 
Hoy, la Universidad cuenta con dos sedes en las que se desarrollan las actividades de formación, innovación y transferencia. La sede Buenos Aires se distribuye en cuatro edificios: tres en el barrio porteño de Flores y un anexo en la localidad de Bella Vista, provincia de Buenos Aires. La sede regional Comahue se sitúa en la ciudad de Cipolletti, provincia de Río Negro.

Promover la mejora continua de la calidad de vida de la comunidad en lo mental, social, físico y ambiental mediante actividades de enseñanza, investigación y extensión. Integrar los avances científico–tecnológicos con lo humanístico en un marco de innovación y libertad de pensamiento.

Ser una Universidad contextualizada en su entorno y de referencia regional y global, para la difusión y generación de conocimiento que promueva el desarrollo humano en condiciones de sustentabilidad social y ambiental.

Para ello aspira a:

• Ser una Universidad destacada en la formación de profesionales comprometidos con la generación de valor para la sociedad en su conjunto, promoviendo la educación como bien social en un contexto de globalidad con inclusión.
• Ser una Universidad líder en el desarrollo de capacidades científico-tecnológicas que promuevan la sustentabilidad ambiental.